El golpe de Estado del 15 de octubre de 1979
Tres meses después del triunfo sandinista en Nicaragua, el 15 de octubre de 1979, un grupo de oficiales jóvenes derrocó al general Romero. La Junta Revolucionaria de Gobierno, con los coroneles Jaime Abdul Gutiérrez y Adolfo Majano y tres civiles —el socialdemócrata Guillermo Manuel Ungo, el rector de la UCA Román Mayorga y el empresario Mario Antonio Andino—, prometió acabar con la violencia y la corrupción, respetar los derechos humanos y repartir mejor la riqueza.
Sus primeras medidas, según la cronología de la Comisión de la Verdad de la ONU, fueron anunciar elecciones para febrero de 1982, limitar a 100 hectáreas la propiedad de la tierra por el decreto 43 de diciembre de 1979, disolver ORDEN y desmantelar ANSESAL. Pero los mandos conservadores del Ejército y los cuerpos de seguridad siguieron reprimiendo. El 3 de enero de 1980 dimitieron los tres civiles de la Junta y diez de los once ministros.
Reforma agraria y escalada de violencia (1980)
El PDC entró en una segunda Junta, lo que provocó la salida del partido de dirigentes como Héctor Dada Hirezi y Rubén Zamora, y el 9 de marzo de 1980 Duarte se incorporó a ella. La Junta aprobó la nacionalización de la banca y del comercio exterior del café y una reforma agraria que expropiaba las fincas de más de 500 hectáreas. Según los datos que recoge la Comisión de la Verdad, afectaba a unos 372 propietarios. La reforma se aprobó junto con un estado de sitio.
La violencia se disparó. El 22 de enero de 1980, la Guardia Nacional disolvió a tiros una gran manifestación de la Coordinadora Revolucionaria de Masas, con decenas de muertos. El 22 de febrero fue asesinado el procurador general y dirigente democristiano Mario Zamora. El Socorro Jurídico Cristiano del Arzobispado contó 11.903 víctimas civiles en 1980, y la Comisión de la Verdad recibió denuncias directas sobre 2.597 víctimas de ese año.
El asesinato de monseñor Óscar Romero
El arzobispo de San Salvador, Óscar Arnulfo Romero, se había convertido en la principal voz contra la represión. Sus homilías, transmitidas por la radio del Arzobispado, enumeraban cada semana los asesinatos y las desapariciones. El 23 de marzo de 1980 pidió a los soldados: «les suplico, les ruego, les ordeno, que cese la represión».
Al día siguiente, el 24 de marzo de 1980, un francotirador lo mató de un solo disparo mientras oficiaba misa en la capilla del hospital de la Divina Providencia. En su funeral, el 30 de marzo, una bomba y disparos frente a la catedral provocaron el pánico entre unas 50.000 personas; murieron entre 27 y 40.
La Comisión de la Verdad concluyó en 1993 que el exmayor Roberto D'Aubuisson dio la orden de asesinar al arzobispo y encargó a su entorno de seguridad, que actuaba como escuadrón de la muerte, organizar y supervisar el crimen, con la participación de los capitanes Álvaro Saravia y Eduardo Ávila. D'Aubuisson, que negó siempre su implicación, había sido detenido en mayo de 1980 con armas y documentos sobre la financiación de escuadrones, y fue liberado sin pasar ante un juez. En 1981 fundó ARENA. El papa Francisco canonizó a Romero el 14 de octubre de 2018, y el aeropuerto internacional del país lleva hoy su nombre.
Nace el FMLN y empieza la guerra abierta
El 14 de mayo de 1980, en el río Sumpul, en la frontera con Honduras, tropas salvadoreñas mataron a no menos de 300 civiles desarmados que huían de un operativo, según la Comisión de la Verdad. En noviembre, seis dirigentes del Frente Democrático Revolucionario (FDR), la coalición de la izquierda política, fueron secuestrados y asesinados en San Salvador. El 2 de diciembre, cuatro religiosas estadounidenses fueron detenidas, violadas y asesinadas por miembros de la Guardia Nacional.
Las cinco organizaciones guerrilleras se unieron en octubre de 1980 en el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN), aliado político del FDR. A finales de 1980, Duarte asumió la presidencia de la Junta, y el 10 de enero de 1981 el FMLN lanzó la llamada «ofensiva final». No derribó al Gobierno, pero convirtió la violencia en una guerra civil abierta. Cuatro días después, Estados Unidos restableció la ayuda militar, suspendida tras el asesinato de las religiosas.