Caudillos, guerras civiles y modernización (1851-1903)
Tras la paz, varios gobiernos intentaron la política de fusión, gobernar por encima de las divisas, sin lograrlo. En 1858, en Paso de Quinteros, casi un centenar de colorados sublevados fueron fusilados por orden directa del presidente Gabriel Pereira, pese a la promesa de respetar sus vidas, un agravio duradero para su partido. En abril de 1863 el caudillo colorado Venancio Flores invadió el país contra el presidente blanco Bernardo Berro, con la complicidad del argentino Bartolomé Mitre y el apoyo del Imperio del Brasil. Entre diciembre de 1864 y el 2 de enero de 1865 Flores y una fuerza brasileña sitiaron Paysandú, defendida por Leandro Gómez, que fue fusilado al caer la ciudad. Ya en el poder, Flores sumó al país a la Triple Alianza contra el Paraguay de Francisco Solano López, una guerra que terminó en 1870 con el Paraguay destruido. En febrero de 1868 Flores fue asesinado en Montevideo y Berro murió horas después.
Entre 1870 y 1872 los blancos de Timoteo Aparicio se alzaron contra el exclusivismo colorado en la Revolución de las Lanzas, que movilizó a unos 16.000 hombres en un país de unos 400.000 habitantes. La Paz de Abril de 1872 inauguró la coparticipación: los blancos tendrían representantes y participarían del gobierno, un reparto que duraría, con altibajos, hasta 1904.
La revolución lanar y el militarismo
Mientras tanto la economía cambiaba. Con la revolución lanar las ovejas pasaron de unas 800.000 cabezas a comienzos de los años cincuenta a unos 16 millones en 1868, mestizadas para vender lana a la industria europea. Una nueva clase alta rural, a menudo de origen extranjero, fundó en 1871 la Asociación Rural del Uruguay para exigir orden.
En marzo de 1876, con el apoyo de comerciantes y estancieros, el coronel Lorenzo Latorre asumió como gobernador provisorio: empezó el militarismo (1876-1886), primera etapa de la modernización del Estado. Se reformó el Código Rural (1879), redactado en buena parte por socios de la Asociación Rural; el alambramiento de los campos y el mestizaje del ganado transformaron la producción y dejaron sin lugar a muchos peones y al gaucho de la campaña abierta, y el ferrocarril, el telégrafo y las armas de repetición dieron al Estado el control del territorio. En 1877 un decreto-ley llevó a la práctica la reforma de José Pedro Varela: escuela primaria gratuita y obligatoria; la laicidad que Varela pedía no se logró entonces. Si al empezar la reforma había en Montevideo 62 escuelas y unos 8.000 alumnos, en 1880 asistían 25.000 alumnos a 310 escuelas. A Latorre le siguió el general Máximo Santos (1882-1886), que en 1886 sofocó la Revolución del Quebracho, un levantamiento de políticos de todos los partidos.
La inmigración y la revolución de 1897
La segunda mitad del siglo trajo una gran corriente de inmigrantes europeos, italianos y españoles sobre todo, pero también suizos, franceses, vascos, catalanes o alemanes. Unos fundaron colonias agrícolas en el litoral; la mayoría se quedó en Montevideo. Con ellos llegaron las ideas anarquistas y socialistas y las primeras organizaciones obreras: la Federación de los Trabajadores del Uruguay se fundó en 1885 y la anarquista FORU, en 1905.
Con Máximo Tajes volvieron los civiles. Los gobiernos de Julio Herrera y Obes y de Juan Idiarte Borda practicaron el «colectivismo»: el presidente elegía a su sucesor y solo gobernaban los colorados de su círculo. Desde el diario El Día, que fundó en 1886, José Batlle y Ordóñez encabezó la oposición colorada a ese modelo. En marzo de 1897 el caudillo blanco Aparicio Saravia se alzó para reclamar garantías electorales. El 25 de agosto Idiarte Borda fue asesinado, y su sucesor, Juan Lindolfo Cuestas, firmó el 18 de septiembre el Pacto de la Cruz: amnistía, reforma electoral, 200.000 pesos para el ejército revolucionario y seis jefaturas políticas para los blancos. En febrero de 1898 Cuestas disolvió las cámaras y gobernó un año con un Consejo de Estado. El país quedó con dos centros de poder, el gobierno de Montevideo y la estancia de Saravia en El Cordobés: la bicefalía.
Batlle y Ordóñez y el fin de las guerras civiles (1903-1904)
El 1 de marzo de 1903 asumió la Presidencia José Batlle y Ordóñez, hijo del expresidente Lorenzo Batlle, elegido por los legisladores con 55 de 82 votos sin ser el candidato del presidente saliente, según el portal de contenidos educativos de historia. Saravia sabía que Batlle no estaba dispuesto a mantener la bicefalía, y tras un primer alzamiento en 1903 la guerra civil estalló en enero de 1904. Durante casi nueve meses el Uruguay rural del caudillo blanco se enfrentó al Uruguay urbano, comercial y estatal del Partido Colorado. El 1 de septiembre de 1904 Saravia fue herido de bala en la batalla de Masoller y murió el 10 de septiembre; el 24 de septiembre sus tropas firmaron la paz de Aceguá.
Fue la última guerra civil del país. El gobierno impuso su autoridad en todo el territorio, terminó la coparticipación en los departamentos y consolidó el poder central. Para el Partido Nacional, Saravia quedó como el caudillo que pidió garantías electorales con las armas; el jurista Héctor Gros Espiell subraya que el voto libre y secreto que consagró la Constitución de 1918 fue precisamente la «razón de ser de las revoluciones de 1897 y 1904». Luis Alberto de Herrera, que había combatido junto a Saravia, se convirtió después en el líder blanco durante más de cuarenta años.